按照增值税纳税义务的原理，只要发生应税行为，如果纳税人已经收款或已经取得索取销售款项的凭据，即使未开具发票也已经发生纳税义务，因此会产生未开票收入。但日后如果再就此项交易开具发票，因为同一项交易不应两次纳税，所以纳税人在增值税申报时，应当从本期全部开票销售额中减去已经申报的未开票收入。
例如，A企业某月申报未开票收入100万元，次月对此项收入开具发票，办理次月增值税申报时就需要从全部销售额中减去已申报过的100万元。增值税纳税申报的重要比对原理，是当期开具发票的销售额不应小于当期纳税申报的全部销售额，因此有可能会发生比对异常。例如，A企业当期共开具发票500万元，但减去已按照未开票收入申报的100万元后只申报400万销售额，就会产生异常比对信息，从而无法在网上直接申报。
《国家税务总局关于印发〈增值税纳税申报比对管理操作规程（试行）〉的通知》（税总发〔2017〕124号）将于2018年3月1日起执行。该文件执行前，纳税人可以通过在增值税纳税申报表附表一“未开票收入”一栏填列负数解决比对异常问题。如上列中的A企业在申报次月增值税时在“未开票收入”栏填写-100万元，开票收入的相应栏次仍按实际开票销售额填写，就可以解决同一项交易重复纳税的问题。但这种填报方式存在两个弊端：一是不符合申报逻辑，“未开票收入”填写为负值意味着此项交易已经被取消和退回到交易发生前的状态。而在此项交易实际已发生的情况下，申报负数销售额就扭曲了交易实质；二是容易被不法分子利用“未开票收入”栏任意填写负数，从而产生“暴力虚开”的违法行为。因此税总发〔2017〕124号文件对这一缺陷进行了相应修正。
按照税总发〔2017〕124号文件要求，当期开具发票（不包含不征税发票）的金额、税额合计数应小于或者等于当期申报的销售额、税额合计数。根据这一规则，“未开票收入”相应栏次均不应小于零，否则就会造成申报销售额、税额合计数小于开票金额、税额合计数，产生申报异常。按照税总发〔2017〕124号文件规定，税务机关将暂不对其税控设备解锁，并将异常比对结果进行核实和处理。
因此，在3月1日后，纳税人申报增值税未开票收入时需要注意以下事项：
1.发生未开票纳税义务期间，申报增值税仍然在“未开票收入”栏填列正数销售额即可，但需要保留有关的证据，如合同、收款记录等，以备日后查证。
2.如果对未开票收入在日后开具发票，则对开具发票期间，申报增值税不能在“未开票收入”填列负数，而应计算在开票销售额中减去已经申报的未开票收入，将差值填列到“开票收入”的相应栏次。
3.对于因第2项操作而产生的比对异常，因为不能在网上申报，需要按照主管税务机关要求接受审核，并提交相应的证据证明该项差额与以前期间申报的未开票收入金额的一致性，申请正常申报和解锁税控设备。
仍承前例，如果A企业开具发票金额500万元而申报销售额为400万元，应当提交相关证据证明产生的100万元差异，在以前期间已经作为未开票收入申报过。此类证据至少应当包括：（1）约定开票日期、收款日期的合同；（2）已收取款项的凭据或其他结算凭据，如票据；（3）在本期对以前未开票收入开具的发票，受票单位与签订合同主体的统一社会信用代码或纳税人识别号应当是一致的。
例如，A企业某月申报未开票收入100万元，次月对此项收入开具发票，办理次月增值税申报时就需要从全部销售额中减去已申报过的100万元。增值税纳税申报的重要比对原理，是当期开具发票的销售额不应小于当期纳税申报的全部销售额，因此有可能会发生比对异常。例如，A企业当期共开具发票500万元，但减去已按照未开票收入申报的100万元后只申报400万销售额，就会产生异常比对信息，从而无法在网上直接申报。
《国家税务总局关于印发〈增值税纳税申报比对管理操作规程（试行）〉的通知》（税总发〔2017〕124号）将于2018年3月1日起执行。该文件执行前，纳税人可以通过在增值税纳税申报表附表一“未开票收入”一栏填列负数解决比对异常问题。如上列中的A企业在申报次月增值税时在“未开票收入”栏填写-100万元，开票收入的相应栏次仍按实际开票销售额填写，就可以解决同一项交易重复纳税的问题。但这种填报方式存在两个弊端：一是不符合申报逻辑，“未开票收入”填写为负值意味着此项交易已经被取消和退回到交易发生前的状态。而在此项交易实际已发生的情况下，申报负数销售额就扭曲了交易实质；二是容易被不法分子利用“未开票收入”栏任意填写负数，从而产生“暴力虚开”的违法行为。因此税总发〔2017〕124号文件对这一缺陷进行了相应修正。
按照税总发〔2017〕124号文件要求，当期开具发票（不包含不征税发票）的金额、税额合计数应小于或者等于当期申报的销售额、税额合计数。根据这一规则，“未开票收入”相应栏次均不应小于零，否则就会造成申报销售额、税额合计数小于开票金额、税额合计数，产生申报异常。按照税总发〔2017〕124号文件规定，税务机关将暂不对其税控设备解锁，并将异常比对结果进行核实和处理。
因此，在3月1日后，纳税人申报增值税未开票收入时需要注意以下事项：
1.发生未开票纳税义务期间，申报增值税仍然在“未开票收入”栏填列正数销售额即可，但需要保留有关的证据，如合同、收款记录等，以备日后查证。
2.如果对未开票收入在日后开具发票，则对开具发票期间，申报增值税不能在“未开票收入”填列负数，而应计算在开票销售额中减去已经申报的未开票收入，将差值填列到“开票收入”的相应栏次。
3.对于因第2项操作而产生的比对异常，因为不能在网上申报，需要按照主管税务机关要求接受审核，并提交相应的证据证明该项差额与以前期间申报的未开票收入金额的一致性，申请正常申报和解锁税控设备。
仍承前例，如果A企业开具发票金额500万元而申报销售额为400万元，应当提交相关证据证明产生的100万元差异，在以前期间已经作为未开票收入申报过。此类证据至少应当包括：（1）约定开票日期、收款日期的合同；（2）已收取款项的凭据或其他结算凭据，如票据；（3）在本期对以前未开票收入开具的发票，受票单位与签订合同主体的统一社会信用代码或纳税人识别号应当是一致的。